Bergues est aussi une ville d’eau. Elle peut inonder par ses écluses la plaine marécageuse où elle est située. Ses nombreux canaux permettent de se balader le long de ses rives.
Le canal de Bergues est un des plus vieux canaux de France. Il a été commencé au XVIe siècle pour relier la mer du Nord. Il permettait le commerce avec l’Angleterre, mais aussi la Hollande et l’Espagne. Il relie la ville de Bergues au port de Dunkerque. Aujourd’hui, le canal et le port de Bergues ont pour seule activité la plaisance. Le pont Saint-Jean surplombe le canal de la Basse Colme, qui traverse la ville de Bergues et relie la ville de Saint-Omer à Furnes (Belgique) en passant par Watten et Hondschoote.
Le canal souterrain est à l’origine de la légende du Nekker, génie malfaisant qui habiterait les eaux de ce canal souterrain. Il hurle la nuit pour effrayer les voyageurs attardés aux alentours de la Nekkestor (tour du Nekker). Une des entrées du canal souterrain est bien visible sous cette tour.
